上記警告が発生しているXMLファイルを開きます。
Edit>Select All>Copyします。つまり、XMLデータの全てをClipboardに入れます。
カーソルを第一行目の左端に持っていきます。
エンターキーを適当な回数押します。
すると、おかしなことに、警告のマークも下にズレていくことが観察されます。
カーソルを第一行目の左端に持っていきます。
Edit>Pasteします。
このPasteコマンドで張り付けたデータよりも下にあるデータを全て削除します。
すると、何故か警告マークも一緒に消えてしまいます。
そして警告自体も消えます。
以上のことから、この警告はEclipseのバグだろうと思います。